Cirkevné konzervatórium vzniklo 27. apríla 1992 – zakladateľkou a riaditeľkou školy bola Eva Malatincová. Prvým odborom školy bol Spevácky odbor Anny Hrušovskej, zameraný na zachovanie jedinečných metodických postupov významnej pedagogičky. Odbor ako prvá viedla Zlatica Livorová, v súčasnosti je vedúcou odboru Klaudia Vašinová.
Nasledovalo založenie nového odboru hudba – hra na organe a cirkevná hudba, ktorý zakladala Eva Kamrlová. Dnes odbor vedie významný slovenský organista a zároveň riaditeľ školy Marek Vrábel. V nasledujúcom školskom roku bol škole schválený ďalší hudobný odbor – hra na klavíri, založený manželmi Editou a Karolom Toporczerovcami. Dnes ho vedie Andrea Bálešová.
V školskom roku 1996/1997 sa podarilo zriadiť aj odbor hra na strunových nástrojoch, pričom zo začiatku dominovala v tomto odbore hra na husliach pod vedením Milana Vonderku (dnes hru na husle vedie Pavel Bogacz), postupne sa pridala hra na violončelo pod vedením Juraja Fazekaša (dnes je pedagógom Jan Pospíšil) a hra na viole pod vedením Jána Grénera. Hru na gitare na škole zakladal prof. Jozef Zsapka a po jeho odchode ju prevzali jeho žiaci, Miriam Rodriguez Brüllová a v súčasnosti aj vedúci celého odboru strunových nástrojov, Vladimír Ondrejčák.
Odpoveďou na veľký záujem rodičov aj žiakov bolo založenie odboru hudobno-dramatické umenie v školskom roku 2002/2003. Jeho tri zložky – tanec, spev a herectvo – viedli spočiatku Danuša Hruškovičová, Ladislav Neshyba a Eva Rysová. Ladislava Neshybu dnes nahradila vedúca odboru spev HDU Dana Leščenková a Evu Rysovú zasa Róbert Horňák. Spolu so založením nového odboru škola v tomto období získala aj druhú budovu na Beňadickej 38/A, čím vznikol aj priestor vhodnejší na materiálno-technické vybavenie odboru: dva divadelné priestory, dve tanečné sály, dabingové a zvukové štúdio a pod.